Tranche I
Het structuurplan gaat uit van zeer ingrijpende veranderingen in de bestaande gebouwenstructuur. Om deze situatie met zo min mogelijk bouwhinder en tijdelijke voorzieningen te bereiken is een gefaseerd tijdschema ontwikkeld, waarin volgens een 'oprolsysteem' van oost naar west oude gebouwen gesloopt worden en nieuwe gereedkomen. Deze tranche is ingedeeld in vier fasen:
Fase 0: ondergrondse parkeergarage
Fase 0 markeerde het begin van de nieuwbouw. In het centrum van het Geert Grooteplein is een moderne ondergrondse parkeergarage aangelegd. Met opzet is ervoor gekozen deze garage als eerste onderdeel van de nieuwbouw gereed te hebben, zodat de parkeeroverlast tot een minimum zou worden beperkt. De parkeergarage is in 1996 geopend.
Fase 1: Onderwijsgebouw & Researchgebouw
In Fase 1 zijn het Onderwijsgebouw en het Researchgebouw neergezet. In het Onderwijsgebouw, dat in 1999 in gebruik is genomen, zijn de Medische Bibliotheek, het Klinisch Trainingscentrum en Radboud Auditorium gehuisvest. Ook de begane grond en de onderverdieping van het Researchgebouw, met zijn Logistiek Centrum, Mortuarium en Centrale Sterilisatie afdeling, is in 1999 afgerond. De Researchtoren, waarin nu het NCMLS zit, is later ingericht en is op 23 september 2001 officieel geopend.
Fase 2: Gebouw Vrouw en Kind en het oostelijk deel van het Diagnostiekgebouw
In de zuidoosthoek van het Geert Grooteplein is het gebouw Vrouw en Kind verrezen, waar de Kinderspecialismen, Verloskunde, Klinische Farmacie, Genetica en het Klinisch Genetisch Centrum een plek hebben gekregen. Intussen wordt ernaast aan de pleinzijde het Diagnostiekgebouw in twee gedeelten neergezet. Het oostelijke deel is gereed, het westelijke deel volgt in fase 3. In het voorjaar van 2005 zijn de twee gebouwen in gebruik genomen.
Fase 3: Heelkundegebouw & westelijk deel van het Diagnostiekgebouw
Op de locatie van het oude verpleeggebouw B en de gebouwen M318 en M319, is plaats vrijgekomen voor het westelijke deel van het Diagnostiekgebouw, waar onder andere Radiologie een plek krijgt, en het Heelkundegebouw, dat de snijdende specialismen en Intensive Care gaat huisvesten. Daarnaast wordt het tweede deel van de Centrale As en de Interim Entree in deze bouwfase gerealiseerd.