De meeste testen zijn gericht op het aantonen van specifieke fusiegenen (translocaties) d.m.v. RT-PCRs op RNA geïsoleerd uit de tumor. Een aantal van deze translocaties kunnen ook m.b.v. fluorescente in-situ hybridisaties (FISH) worden aangetoond. Zie voor details onderstaande links.
EWSR1-FLI1 t(11;22)(q24;q12) en EWSR1-ERG t(21;22)(q22;q12)
Methode: De fusiegenen worden aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s. De PCR’s kunnen fusieproducten van EWSR1 met FLI1 en EWSR1 met ERG op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In ongeveer 90% van de Ewing sarcomen en primitieve neuroectodermale tumoren (PNET) wordt het fusiegen EWSR1-FL1 gevonden en in ongeveer 5% het fusiegen EWSR1-ERG.Het aantonen van een van deze fusiegenen ondersteunt de diagnose Ewing sarcoom of PNET.
PAX3-FOXO1 t(2;13)(q35;q14) en PAX7-FOXO1 t(1;13)(p36;q14)
Methode: De fusiegenen worden aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s. De PCR’s kunnen fusieproducten van PAX3 met FOXO1 en PAX7 met FOXO1 op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In ongeveer 75% van de alveolair rhabdomyosarcomen wordt het fusiegen PAX3-FOXO1 gevonden en in ongeveer 10% het fusiegen PAX7-FOXO1. Het aantonen van een van deze fusiegenen ondersteunt de diagnose alveolair rhabdomyosarcoom.
Bij synoviaal sarcoom worden twee moleculaire testen aangeboden:
1. SS18-SSX1 t(X;18)(p11;q11) en SS18-SSX2 t(X;18)(p11;q11)
Methode: De fusiegenen wordt aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s. De PCR’s kunnen fusieproducten van SS18 met SSX1 en SS18 met SSX2 op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In meer dan 95% van de synoviaal sarcomen wordt het fusiegen SS18-SSX1 of SS18-SSX2 gevonden. SSX1 en SSX2 zijn vrijwel identiek en liggen dicht bij elkaar op Xp11. Het aantonen van een van deze fusiegenen ondersteunt de diagnose synoviaal sarcoom. Daarnaast is het SS18-SSX1 fusiegen geassocieerd met een slechtere prognose dan het SS18-SSX2 fusiegen.
2. SS18 (18q11) genherschikking
Methode: Een SS18 (18q11) genherschikking wordt aangetoond m.b.v. een split-probe. Op deze manier kan worden aangetoond dat de genomische regio met het SS18 gen is getransloceerd, onafhankelijk van de fusiepartner.
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In meer dan 95% van de synoviaal sarcomen wordt het fusiegen SS18-SSX1 of SS18-SSX2 gevonden. SSX1 en SSX2 zijn vrijwel identiek en liggen dicht bij elkaar op Xp11. Het aantonen van een van deze fusiegenen ondersteunt de diagnose synoviaal sarcoom. Daarnaast is het SS18-SSX1 fusiegen geassocieerd met een slechtere prognose dan het SS18-SSX2 fusiegen. Deze fusiegenen worden aangetoond m.b.v. RT-PCR’s. In de gevallen dat er een verdenking voor synoviaal sarcoom is, maar de RT-PCR’s voor de SS18-SSX1 en SS18-SSX2 translocaties negatief zijn (bijvoorbeeld door een zeldzame fusiepartner zoals SSX4 of door een slechte RNA kwaliteit), kan er een fluorescente in-situ hybridisatie gedaan worden om de genherschikking van het SS18 gen aan te tonen. Een SS18 genherschikking ondersteunt de diagnose synoviaal sarcoom.
FUS-DDIT3 t(12;16)(q13;p11) en EWSR1-DDIT3 t(12;22)(q13;q12)
Methode: De fusiegenen worden aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s. De PCR’s kunnen fusieproducten van FUS met DDIT3 en EWSR1 met DDIT3 op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%.
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In ongeveer 85% van de myxoïd liposarcomen wordt het fusiegen FUS-DDIT3 gevonden en in ongeveer 5% het fusiegen EWSR1-DDIT3. Het aantonen van een van deze fusiegenen ondersteunt de diagnose myxoïd liposarcoom.
MDM2 amplificatie
Methode: Met behulp van fluorescente in-situ hybridisatie (FISH) wordt het MDM2 gen gevisualiseerd en gekwantificeerd in tumorcellen.
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: Goed gedifferentieerde (atypische lipomateuze tumoren) en gededifferentieerde liposarcomen zijn maligne tumoren van vetweefselcellen, die lastig te diagnostiseren kunnen zijn.
Het morfologische beeld dat wordt gezien bij goed gedifferentieerde liposarcomen kan sterk lijken op dat van lipomen, welke benigne van aard zijn, terwijl gededifferentieerde liposarcomen morfologisch weinig karakteristieke kenmerken kunnen hebben. Goed gedifferentieerde en gededifferentieerde liposarcomen hebben in 90-100% van de gevallen een amplificatie van het MDM2 gen. Deze amplificatie wordt niet gevonden in lipomen. Het aantonen van deze amplificatie ondersteunt dus de diagnose goed gedifferentieerd of gededifferentieerd liposarcoom.
EWSR1-ATF1 t(12;22)(q13;q12)
Methode: Het fusiegen wordt aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s, die fusieproducten van EWSR1 met ATF1 op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In ongeveer 75% van de clear cell sarcomen wordt het fusiegen EWSR1-ATF1 gevonden. Het aantonen van dit fusiegen ondersteunt de diagnose clear cell sarcoom.
EWSR1-NR4A3 t(9;22)(q22-31;q12) en TAF15-NR4A3 t(9;17)(q22;q11)
Methode: De fusiegenen worden aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s. De PCR’s kunnen fusieproducten van EWSR1 met NR4A3 en TAF15 met NR4A3 op cDNA detecteren. Afhankelijk van het materiaal en de kwaliteit van het RNA kunnen op deze manier ~55-85% van de EWSR1-NR4A3 fusieproducten en ~90-100% van de TAF15-NR4A3 fusieproducten aangetoond worden.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In ongeveer 75% van de extraskeletale myxoïde chondrosarcomen wordt het fusiegen EWSR1-NR4A3 gevonden en in ongeveer 15% het fusiegen TAF15-NR4A3. Het aantonen van een van deze fusiegenen ondersteunt de diagnose extraskeletaal myxoïd chondrosarcoom.
EWSR1-WT1 t(11;22)(p13;q12)
Methode: Het fusiegen wordt aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s, die kunnen fusieproducten van EWSR1 met WT1 op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In 90% van de desmoplatisch rondceltumoren wordt het fusiegen EWSR1-WT1 gevonden. Het aantonen van dit fusiegen ondersteunt de diagnose desmoplastische rondceltumor.
ETV6-NTRK3 t(12;15)(p13;q25)
Methode: Het fusiegen wordt aangetoond m.b.v.een translocatie-specifieke RT-PCR, die fusieproducten van ETV6 met NTRK3 op cDNA detecteert.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%
Uitslag: 1-2 weken
Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In 90% van de congenitale fibrosarcomen / cellulair congenitale mesoblastaire nefromen wordt het fusiegen ETV6-NTRK3 gevonden. Het aantonen van dit fusiegen ondersteunt de diagnose congenitaal fibrosarcoom / cellulair congenitaal mesoblastair nefroom.
FUS-CREB3L2 t(7;16)(q33;p11)
Methode: Het fusiegen wordt aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s, die fusieproducten van FUS met CREB3L2 op cDNA detecteren.
Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage van < 5%.
Uitslag: 1-2 weken.
Materiaal: Direct ingevroren weefsel.
aanvraagformulier (PDF)
Achtergrond: In ongeveer 85% van de laaggradig fibromyxoïd sarcomen wordt het fusiegen FUS-CREB3L2 gevonden. Het aantonen van dit fusiegen ondersteunt de diagnose laaggradig fibromyxoïd sarcoom.