UMC St Radboud

Onderstaande links verwijzen naar testen op solide tumoren die van belang zijn in diferentiaal diagnostiek (melanocytaire laesies, fibreuze dysplasie en mola zwangerschap), prognose (neuroblastoom) en weefsel-identificatie.

Bij uvea melanoom diagnostiek worden twee testen aangeboden, namelijk:

1. Chromosomen 3, 6p en 8q status bepaling

Methode: Met behulp van “Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification” (MLPA) wordt de status van 13 posities op chromosoom 3, van 6 posities op de korte arm van chromosoom 6 en van 5 posities op de lange arm van chromosoom 8 bepaald.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 50%

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel 
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Het uvea melanoom ontstaat vanuit melanocyten in de uvea (in het oog). Ongeveer 50% van de patiënten met een uvea melanoom ontwikkelen metastasen binnen 15 jaar na het behandelen van de primaire tumor. Een belangrijke prognostische factor voor metastasering is verlies van chromosoom 3 (monosomie). Verlies van chromosoom 3 is ook een inclusiecriterium voor een klinische trial (immunotherapie d.m.v. dendritische cel vaccinatie) binnen het UMC St Radboud bij patiënten met een uvea melanoom.
Naast monosomie 3 zijn er ook nog andere chromosomale afwijkingen prognostisch van belang. Amplificatie van de korte arm van chromosoom 6 (6p) is geassocieerd met een betere prognose en amplificatie van de lange arm van chromosoom 8 (8q) met een slechtere prognose. Al deze beschreven prognostische relevante chromosomale afwijkingen kunnen middels een specifieke MLPA test voor uveaal melanoom worden bepaald. 

2. BAP1 mutatie-analyse

Methode: Met behulp van PCR’s worden van BAP1 alle coderende exonen geamplificeerd. Vervolgens wordt de genetische code bepaald d.m.v. de Sanger sequentie methode.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 50%

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel 
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Het uvea melanoom ontstaat vanuit melanocyten in de uvea (in het oog). Ongeveer 50% van de patiënten met een uvea melanoom ontwikkelen metastasen binnen 15 jaar na het behandelen van de primaire tumor. Een belangrijke prognostische factor voor metastasering is verlies van chromosoom 3 (monosomie). De reden hiervoor is hoogstwaarschijnlijk het verlies de eiwitfunctie van BAP1, dat gecodeerd wordt door het BAP1 gen op chromosoom 3. Het bepalen van de mutatie-status van BAP1 kan dus prognostisch van belang zijn, ook in de afwezigheid van verlies van chromosoom 3.

Bij melanocytaire laesies worden naast de test voor therapiekeuze nog twee testen aangeboden, namelijk:

1. differentiaal diagnose Spitz nevus versus (Spitzoid) melanoomalyse

Methode: Met behulp van PCR’s wordt van BRAF exon 15, van NRAS exonen 2 en 3 en van HRAS  exon 3 geamplificeerd. Vervolgens wordt de genetische code bepaald d.m.v. de Sanger sequentie methode.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 40%

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel 
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Spitz nevi, (spitzoïde) melanomen en clear cell sarcomen (melanomen van de weke delen) kunnen morfologisch moeilijk te onderscheiden zijn. Ongeveer 80% van de melanomen hebben een BRAF (codon 600), NRAS p.Gly13Asp of p.Gln61Arg mutatie. Daarentegen hebben ongeveer 30% van de spitz nevi juist een mutatie in het HRAS gen (codon 61). Bij clear cell sarcomen worden mutaties in deze genen niet aangetroffen, maar komt in 75% van de gevallen de EWSR1-ATF1 t(12;22)(q13;q12) translocatie voor. Mutatie-analyse van de BRAF, NRAS en/of HRAS genen kan daarom helpen bij het stellen van een diagnose.

2. herkomst primair melanoom

Methode: Met behulp van PCR’s wordt van GNAQ exon 5, GNA11 exon 5, BRAF exon 15, NRAS exon 2 en 3 en van KIT exon 9, 11 en 13 geamplificeerd. Vervolgens wordt de genetische code bepaald d.m.v. de Sanger sequentie methode.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 40%

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel 
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Morfologisch kan het lastig zijn de origine van een secundair melanoom (metastase) vast te stellen. Cutane melanomen bevatten frequent mutaties in het BRAF of NRAS gen. Mucosale en acrale melanomen daarentegen bevatten vaak mutaties in het KIT gen en mutaties in het GNAQ of GNA11 gen worden vaak in melanocytaire laesies van het centrale zenuwstelsel of uvea melanomen aangetroffen. Mutatie-analyse van deze genen kan dus helpen bij het bepalen van de herkomst van het primaire melanoom.

1p/19q status bepaling

Methode: Met behulp van “Multiplex Ligation Probe Amplification” (MLPA) wordt de status voor 15 posities op de korte arm van chromosoom 1 en voor 8 posities op de lange arm van chromosoom 19 bepaald.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 50%

Uitslagtermijn: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Gliomen zijn tumoren van glia cellen. Er zijn 4 soorten gliale hersentumoren te onderscheiden: 1. Astrocytaire tumoren (80%), 2. Oligodendrogliale tumoren (5-20%), 3. Oligoastrocytomen (mengvorm van 1. en 2.) en 4. Ependymonen (minst frequent). Met name oligodendrogliale tumoren, die gekenmerkt worden door een verlies van de korte arm van chromosoom 1 (1p) en de lange arm van chromosoom 19 (19q), hebben een goede prognose en reageren mogelijk beter op chemotherapie. Het bepalen van de 1p/19q status kan dus helpen bij de differentiaal diagnose tussen astrocytaire en oligodendrogliale tumoren.

MGMT methylatiestatus bepaling

Methode: Met behulp van “Methylatie Specifieke Multiplex Ligation Probe Amplification” (MS-MLPA) wordt de methylatiestatus voor drie posities in de MGMT promoter bepaald.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 50%

Uitslagtermijn: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Gliomen zijn tumoren van glia cellen. Er zijn 4 soorten gliale hersentumoren te onderscheiden: 1. Astrocytaire tumoren (80%), 2. Oligodendrogliale tumoren (5-20%), 3. Oligoastrocytomen (mengvorm van 1. en 2.) en 4. Ependymonen (minst frequent). De meest kwaadaardige vorm van astrocytaire tumoren (graad IV) zijn glioblastoma multiforme (GBM). In ongeveer 50% van deze tumoren is de MGMT promoter gemethyleerd. Deze patiënten hebben een betere prognose en zijn mogelijk gevoeliger voor alkylerende en methylerende chemotherapeutica.

IDH1 en IDH2 mutatie-analyse

Methode: Met behulp van PCR wordt van IDH1 en IDH2 exon 4 geamplificeerd. Vervolgens wordt de genetische code bepaald d.m.v. de Sanger sequentie methode.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 40%

Uitslagtermijn: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Diffuse gliomen (graad II-IV) zijn invasief, ontwikkelen zich  tot hooggradige laesies en hebben uiteindelijke een slechte prognose. Binnen de diffuse gliomen zijn moleculair 2 groepen te onderscheiden op basis van de IDH1 en IDH2 mutatiestatus. Diffuse gliomen met een mutatie in IDH1 (codon 132) of IDH2 (codon 172) hebben een aanzienlijk betere prognose dan gliomen zonder deze mutaties. Daarnaast kan de IDH1 en IDH2 mutatiestatus helpen bij de differentiaal diagnose tussen een diffuus glioom en een reactieve gliose.

IDH1 mutatie-analyse en KIAA1549-BRAF

Methode: Met behulp van PCR wordt van IDH1 exon 4 geamplificeerd. Vervolgens wordt de genetische code bepaald d.m.v. de Sanger sequentie methode. Het fusiegen wordt aangetoond m.b.v. translocatie-specifieke RT-PCR’s, die fusieproducten van KIAA1549 met BRAF op cDNA detecteren.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 40% voor de IDH1 mutatie-analyse en < 5% voor de KIAA1549-BRAF specifieke PCR

Uitslagtermijn: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Pilocytaire astrocytomen en diffuse astrocytomen (WHO graad II) zijn beide laaggradige gliomen, maar kunnen morfologisch moeilijk te onderscheiden zijn (vooral bij kleine biopten). De verschillende entiteiten vragen om verschillende therapeutische strategieën en het is daarom van belang de juiste diagnose te stellen.
Pilocytaire astrocytomen hebben vaak (70-90%) een  kleine tandem duplicatie op chromosoom 7, resulterend in een KIAA1549-BRAF fusiegen. Deze tumoren bevatten voor zover bekend geen mutatie in het IDH1 gen. Diffuse laaggradige astrocytomen daarentegen bevatten vaak (~80%) een specifieke mutatie (codon 132) in het IDH1 gen,  maar geen KIAA1549-BRAF fusiegen. Mutatie-analyse van codon 132 van IDH1 en het bepalen van de  aanwezigheid van een KIAA1549-BRAF fusieproduct kunnen daarom helpen bij de diagnose van pilocytaire en diffuse astrocytomen.

NMYC amplificatie

Methode: Met behulp van fluorescente in-situ hybridisatie (FISH) wordt het NMYC gen gevisualiseerd en gekwantificeerd in tumorcellen.

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: NMYC is een proto-oncogen en is geamplificeerd in ~25% van de neuroblastomen. NMYC amplificatie is geassocieerd met snelle tumor progressie, metastase en een slechte prognose.

GNAS1 mutatie-analyse codon 201

Methode: Met behulp van PCR wordt van GNAS1 exon 8 geamplificeerd. Vervolgens wordt de genetische code bepaald d.m.v. de Sanger sequentie methode.

Detectielimiet: De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag vermindert bij een tumorcelpercentage < 50%

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Direct ingevroren weefsel
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Fibreuze dysplasie betreft een benigne niet-erfelijke congenitale skeletaandoening. Fibreuze dysplasie lijkt morfologisch sterk op een maligne osteosarcoom. In >90% van alle fibreuze dysplasieën, wordt de activerende p.Arg201Cys of p.Arg201His mutatie in het GNAS1 gen gevonden. Deze mutatie wordt niet gevonden in osteosarcomen en slechts in 20% van de “FD-like low-grade central osteosarcomen”. Het aantonen van de mutatie p.Arg201Cys of p.Arg201His van GNAS1 pleit voor de diagnose fibreuze displasie.

Numerieke chromosoom afwijkingen

Methode: Met behulp van chromogene in-situ hybridisatie (CISH) worden de centromeren van chromosomen 1, X en Y gevisualiseerd. Vervolgens wordt de ploïdie-status van de cellen bepaald.

Uitslag: 1-2 weken

Materiaal: Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel 
                 aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: Mola zwangerschappen worden onderverdeeld in volledige en partiële mola’s. Volledige mola’s ontstaan waarschijnlijk wanneer een “lege” eicel (geen genetisch materiaal) bevrucht wordt door twee spermacellen (~20%) of door één spermacel gevolg door een duplicatie van het genetisch materiaal (~80%). In beide gevallen zijn de mola’s dus diploïd. Partiële mola’s ontstaan waarschijnlijk wanneer een normale haploïde eicel bevrucht wordt door twee spermacellen of door een spermacel met een diploïde pronucleus. Het genetisch materiaal bestaat dus uit 1 set maternale en 2 sets paternale chromosomen. Partiële mola’s zijn dus triploïd. De differentiaal diagnose tussen een volledige mola en een partiële mola kan morfologisch lastig zijn. De correcte diagnose is echter van belang voor de inschatting van de kans op een “Persistent gestational trophoblastic disease” (PGTD) die kan ontstaan na de initiële chirurgische behandeling van de mola. De incidentie van een PGTD na een volledige mola is ~10-20% en na een partiële mola ~0.5%.

Haplotypering aan de hand van microsatelliet repeats

Methode: Van 16 microsatellietrepeats op verschillende chromosomen wordt de lengte bepaald. Door de sterke variatie in lengte van deze microsatellietrepeats heeft vrijwel ieder individu een unieke combinatie van repeatlengtes. Door het vergelijken van deze repeatlengtes van de verschillende weefsels kan met grote betrouwbaarheid worden vastgesteld of ze afkomstig zijn van dezelfde of verschillende individuen.

Uitslag: 2-3 weken

Materiaal: • Direct ingevroren weefsel (ook referentiemateriaal)
                 • Gefixeerd en paraffine-ingebed weefsel
                  (ook referentiemateriaal)
                  (als referentiemateriaal kan ook bloed worden ingestuurd)
                   aanvraagformulier (PDF)

Achtergrond: In het geval van verdenking van het verwisselen van weefsels, wordt aan de hand van een set polymorfe microsatelliet markers de relatie tussen de verschillende weefsels bepaald.